Il partizionamento del proprio disco consiste semplicemente nel suddividerlo in sezioni. Ogni sezione è indipendente dalle altre. Grosso modo equivale a tirare su dei muri in una casa: l'aggiunta dei mobili a una sola stanza non influisce sulle altre.

Se sul proprio sistema è già presente un sistema operativo (Windows 9x, Windows NT/2000/XP/2003/Vista/7, OS/2, MacOS, Solaris, FreeBSD, …) che occupa tutto il disco e si vuole installare Debian sullo stesso disco, allora è necessario ripartizionarlo. Debian richiede delle partizioni riservate sul disco fisso, non può essere installata su partizioni Windows o Mac OS X. Si potrebbero invece condividere alcune partizioni con altri sistemi Unix, ma tale questione non verrà affrontata in questo documento. Come minimo è necessaria una partizione dedicata per il file system root di Debian.

È possibile ottenere delle informazioni sull'attuale configurazione delle partizioni usando un programma per il partizionamento per il sistema operativo che si sta attualmente usando, per esempio il Gestore disco integrato in Windows o fdisk in DOS. I programmi di partizionamento forniscono sempre un modo per visualizzare le partizioni esistenti senza effettuare delle modifiche.

In generale, modificare una partizione che contiene già un file system distruggerà qualsiasi informazione preesistente. Perciò si dovrebbe sempre fare il backup prima di procedere a qualunque ripartizionamento. Continuando ad usare l'analogia della casa, è opportuno spostare tutti i mobili prima di procedere alla demolizione e ricostruzione di un muro, altrimenti si rischia di distruggerli.

Molti dei sistemi operativi più recenti offrono la possibilità di spostare e ridimensionare certe partizioni esistenti senza distruggere il loro contenuto. Questo permette di creare lo spazio per altre partizioni senza perdere i dati esistenti. Anche se nella maggior parte dei casi questa operazione funziona correttamente rimane comunque un'azione intrinsecamente pericolosa perciò deve essere effettuata solo dopo aver fatto un backup completo di tutti i dati. Le partizioni FAT/FAT32 e NTFS usate da sistemi DOS o Windows possono essere spostate e ridimensionate senza perdere dati usando debian-installer oppure il Gestore disco integrato in Windows 7.

Per ridimensionare una partizione FAT o NTFS esistente senza perdere i dati da debian-installer selezionare il passo di partizionamento e scegliere l'opzione per il partizionamento manuale, poi scegliere la partizione da ridimensionare e specificare la sua nuova dimensione.

La creazione e la cancellazione di partizioni può essere fatta dall'interno di debian-installer oppure con il sistema operativo esistente. Come regola del pollice le partizioni dovrebbero essere create dal sistema che poi le utilizzerà, cioè le partizione che saranno usate da Debian GNU/Linux dovrebbero essere create da debian-installer e le partizioni che saranno usate da altri sistemi operativi dovrebbero essere create usando quest'ultimi. debian-installer è in grado di creare partizioni non-Linux, solitamente tali partizioni funzionano senza problemi anche quando sono utilizzate da altri sistemi operativi tuttavia ci sono dei rari casi in cui si possono verificare dei problemi perciò, per essere assolutamente sicuri, utilizzare gli strumenti di partizionamento nativi per creare le partizioni usate da altri sistemi operativi.

Per installare più di un sistema operativo sulla stessa macchina si dovrebbero installare prima tutti gli altri sistemi e poi procedere con l'installazione di Debian. L'installazione di Windows e di altri SO potrebbero distruggere la capacità di avviare Debian oppure incoraggiare la formattazione delle partizioni non native.

Queste operazioni possono essere ripristinate o evitate, ma facendo prima l'installazione dei sistemi nativi si evitano parecchi problemi.